截至年8月4日，年中国学者在NatureMethods（IF=28.55）共发表了13项研究成果，iNature系统盘点这些研究成果：
年8月2日，西北大学孙士生团队在NatureMethods在线发表题为”StrucGP:denovostructuralsequencingofsite-specificN-glycanonglycoproteinsusingamodularizationstrategy“的研究论文，该研究描述了一种模块化策略，用于使用串联质谱从头解释完整糖肽上的N-聚糖结构。该研究还开发了一种名为StrucGP的算法来自动化大规模分析的解释过程。通过将N-聚糖分为三个模块并使用不同模式的Y离子或可区分的B/Y离子组合识别每个模块，该方法能够确定小鼠大脑中数千个糖位点的详细聚糖结构，其中包括四种类型的核心结构和具有三种聚糖亚型的17个分支结构。由于独立于数据库的聚糖映射策略，StrucGP还有助于识别稀有/新聚糖结构。该方法将极大地有益于生物医学研究中糖蛋白的深入结构和功能研究。
年7月26日，中国科学院遗传与发育生物学研究所杜茁团队在NatureMethods在线发表题为”A4Dsingle-cellproteinatlasoftranscriptionfactorsdelineatesspatiotemporalpatterningduringembryogenesis“的研究论文，该研究使用蛋白质融合荧光报告基因和四维实时成像，以单细胞分辨率呈现了在秀丽隐杆线虫胚胎发生过程中映射到发育细胞谱系上的转录因子(TF)的蛋白质表达图谱。该图谱揭示了TF表达的时空组合代码，以及一系列指定发育状态的谱系特异性、组织特异性和时间特异性TF。在系统层面，该图谱提供了对细胞状态-命运关系建模的机会，揭示了功能相关细胞内的谱系依赖性状态多样性和发育状态进展的曲折轨迹。总的来说，这个单细胞蛋白质图谱代表了在分子和系统水平上阐明后生动物胚胎发生的宝贵资源。
年6月14日，中国科学技术大学熊伟与仓春蕾共同通讯在NatureMethods在线发表题为“Metabolomicprofilingofsingleenlargedlysosomes”的研究论文，该研究通过建立单溶酶体代谢组质谱检测技术，首次实现基于单个溶酶体代谢组学信息的溶酶体分型，并深度探索了细胞衰老过程中溶酶体代谢组学的异质性改变（点击阅读）。
年6月7日，北京大学伊成器团队在NatureMethods在线发表题为“Detect-seqrevealsout-of-protospacereditingandtarget-strandeditingbycytosinebaseeditors”的研究论文，该研究报告了用于评估CBE特异性的Detect-seq。它能够在全基因组水平上灵敏检测CBE诱导的脱靶位点。Detect-seq利用化学标记和生物素下拉来追踪编辑中间体脱氧尿苷，从而揭示CBE的编辑组。除了独立于Cas9和典型依赖于Cas9的脱靶位点之外，该研究还发现了原始间隔区序列之外（即原始间隔区外）和目标链（与单向导RNA配对）上的编辑。这种意外的脱靶编辑很普遍，并且可以表现出很高的编辑率，而它们的发生表现出细胞类型依赖性，无法根据sgRNA序列进行预测。此外，该研究在测试的目标位点附近发现了原始间隔区和目标链编辑，挑战了CBE不会诱导近端脱靶突变的常识。总的来说，该研究的方法允许对CBE编辑组进行无偏见分析，并为各种新兴基因组编辑工具的特异性评估提供广泛适用的工具。
年5月31日，浙江大学郝翔等人在NatureMethods在线发表题为“Three-dimensionaladaptiveopticalnanoscopyforthickspecimenimagingatsub-50-nmresolution”的研究论文，该研究开发了一种改进的等刺激发射耗尽纳米镜，它使用先进的自适应光学策略来实现神经元突触和环形管等结构的亚50纳米各向同性分辨率，这些结构以前在组织中是无法接近的。这项工作中提出的自适应光学方案通常适用于任何具有类似光束路径几何形状的显微镜，其中包括两个相对的物镜，以优化在像差样品中进行深度成像时的分辨率。
年5月6日，北京大学何爱彬团队在NatureMethods在线发表题为“Single-celljointdetectionofchromatinoccupancyandtranscriptomeenableshigher-dimensionalepigenomicreconstructions”的研究论文，该研究开发了CoTECH，这是一种组合条形码方法，允许对染色质占据和转录组进行高通量单细胞联合检测。该研究使用CoTECH来检查二价组蛋白标记（H3K4me3和H3K27me3）以及从幼稚到致敏小鼠胚胎干细胞的转录。该研究还使用转录组作为锚点在伪单细胞中导出并发二价标记，用于解析伪时间二价轨迹并解开H3K4me3/H3K27me3与转录水平之间的上下文特定相互作用。接下来，该研究揭示了两波造血细胞中内皮细胞向造血细胞转变的调控基础，以及引导造血内皮细胞出现的独特增强子-基因连接方案，表明对造血干细胞启动的转录调控具有独特的表观遗传控制。CoTECH为染色质占据和转录的单细胞共分析提供了一个有效的框架，从而实现了更高维的表观基因组重建。
年5月3日，上海脑科学与类脑研究中心、神经科学国家重点实验室杨辉，周英思和中国农业大学农学院赖锦盛共同通讯在NatureMethods在线发表题为“ProgrammableRNAeditingwith