北京白癜风专业的医院上一讲跟大家分享了单细胞转录组数据分析中的差异基因表达，这一讲小编将带大家学习细胞类型的鉴定（Celltypeidentification）。主要从细胞类型鉴定的目的及方法这两个方面进行。
前文链接：单细胞转录组数据分析——差异表达分析
细胞类型鉴定的目的
1、确定单细胞测序样本的异质性组成，尤其是肿瘤样本；
2、分析研究单细胞测序数据；
3、从测序结果中找到新的细胞类型。
细胞类型鉴定的方法
1、人工鉴定细胞类型
①依据送测样本的组织类型与功能，以及细胞的形态鉴定；
②依据细胞表面marker以及差异基因表达鉴定（如下图）；
③依据细胞周期、细胞的迁移以及分化状态鉴定（如下图）。
人工鉴定细胞类型就是根据送测样本信息、组织类型、细胞状态、细胞表面marker、异表达基因、细胞周期、细胞迁移以及分化状态并结合各个已知数据库（panglaodb、CellMarker等）进行细胞类型鉴定。
2、自动识别细胞类型的方法
使用完整的基于FACS分类的bulk转录组测序群体中特异性mRNA表达谱，或从单细胞转录组测序数据集中挑选的细胞做参考，进行自动的细胞类型识别，目前已有的自动细胞类型识别方法有以下几种：
下面我们简单认识一下SingleR
①具有丰富的参考数据（区分主类型和子类型、单细胞型和群体型）：
A、HPCA:hand-annotatedHumanPrimaryCellAtlas（手工注释的人类原始细胞图谱），包含37个主要类型、个亚型以及个样本；
B、BluePrint+ENCODE：24个主要类型、43个亚型、个bulk转录组测序样本；
C、小鼠:ImmGen和mouse.rnaseq数据库。
②根据每个细胞或cluster的基因表达均值与样本之间的相关性进行鉴定。对于每种细胞类型，使用其表达中值大于所有其他细胞类型中前N个基因表达中值的细胞进行关联，每种细胞类型的SingleR得分是相关性的80％。
以上就是关于细胞类型鉴定的内容分享，有人工细胞类型鉴定和自动化细胞类型鉴定等方法可供选择。希望通过小编的介绍可以帮助大家对单细胞测序中细胞类型鉴定有进一步的了解。
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