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SILAC定量蛋白质组学实验流程 [复制链接]

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SILAC即细胞培养条件下稳定同位素标记技术stable-isotopelabellingbyaminoacidsincellculture。它的原理很简单:两组细胞同时培养,A组是在包含正常氨基酸(light)的培养基中;B组的培养基则含有“重型(heavy)”的氨基酸,即稳定同位素标记的氨基酸。

背景说明

SILAC即细胞培养条件下稳定同位素标记技术stable-isotopelabellingbyaminoacidsincellculture。它的原理很简单:两组细胞同时培养,A组是在包含正常氨基酸(light)的培养基中;B组的培养基则含有“重型(heavy)”的氨基酸,即稳定同位素标记的氨基酸。最初SILAC使用的标记氨基酸是氚代甲硫氨酸和氘代甘氨酸,目前常用的标记氨基酸有亮氨酸、精氨酸、赖氨酸、甲硫氨酸和酪氨酸等。细胞传代若干代后,稳定同位素标记的氨基酸完全掺入到蛋白中,取代了原有的氨基酸。这样,两个蛋白之间就存在分子量的改变,而其它化学性质无异。然后将两组细胞混合,提取出蛋白质,并交给质谱去测定。每个肽段作为质谱中的一对——低分子量的肽段含有轻型氨基酸,来源于A组,高分子量的肽段则含有重型氨基酸,来源于B组。如果SILAC肽段对呈现1:1的比例,则蛋白质组中此蛋白的丰度无差异。如果含有重型氨基酸的肽段峰强度偏高,则说明B组中蛋白丰度更高。因为稳定同位素标记的氨基酸与天然氨基酸的化学性质基本相同,除了分子量差异,则质谱上峰强度的比值直接对应了A组与B组的比例。

图SILAC实验流程图

服务流程

客户在线下单——订单/实验材料确认——细胞培养标记——蛋白提纯——1:1混合蛋白样品——蛋白还原、酶切——LC-MS液质串联检测——生物信息学分析——交付结果

服务内容及说明

适用场景

1、机理和调控机制研究;

2、动态过程中机制研究;

3、疾病标志物的筛选;

4、用药及预后标志物筛选;

5、只适用于活体培养的细胞蛋白质定量。

实验周期

自送样起45个工作日。

实验信息

实验过程中客户可以随时登入管理系统查看项目实时进展情况。实验结题时系统会通过短信自动通知客户,并发送实验报告查看网址。实验结题后,实验报告、检测结果可在线查看或打印,并永久保留。

实验交付内容

1、实验报告一份,含具体实验流程及蛋白质组鉴定及定量结果(生物信息学分析)。

2、生物信息学分析内容包括:

SILAC定性分析:包括肽段、蛋白鉴定结果统计、重复性分析、unique肽段数分布、肽段长度分布、蛋白覆盖度分布;

SILAC定量分析:包括肽段、蛋白定通量统计、差异蛋白筛选、蛋白丰度比值分布、差异蛋白表达量层次聚类分析;

蛋白质功能注释分析:包括GO分类;COG注释;Pathway通路分析;

差异蛋白功能富集:包括对差异蛋白GO富集分析;差异蛋白Pathway通路分析;

差异蛋白网络互作分析;

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