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利用多区域单细胞测序揭示肝癌肿瘤与免疫细 [复制链接]

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#肿瘤#内癌细胞异质性是(intratumorheterogeneity)是造成癌症治疗失败的关键因素。高度异质性是大部分实体肿瘤的共有特征,而且这种异质性通常会影响病人的总体生存期。单细胞测序技术的发展给解析肿瘤内癌细胞异质性提供了很好的技术支撑。单细胞测序分析通常基于病人在某个特定时间的肿瘤采样组织样本,如何评估采样偏差对肿瘤内癌细胞异质性研究的影响成为一个重要课题。此外,由于肿瘤具有高度异质性,如何找到稳定的肿瘤特征,从而定义一个肿瘤生态系统成为一个很大的挑战。

近日,美国国立卫生研究院,国立癌症研究所王心伟(XinWeiWang)和马利春(LichunMa)团队在NatureCommunications上发表题为Multiregionalsingle-celldissectionoftumorandimmunecellsrevealsstablelock-and-keyfeaturesinlivercancer的文章。该研究解析了肿瘤内癌细胞异质性,并揭示了肿瘤内癌细胞和免疫细胞相互作用对于肿瘤异质性的影响。

Wang课题组首先对7例(数据来源:美国国立卫生研究院临床中心和德国美因茨大学医学中心)肝癌病人样本进行分析。研究人员对肝癌患者的多个区域的肿瘤样及非肿瘤样本进行单细胞转录组测序数据进行分析。作者发现不同肝癌病人间肿瘤样本的异质性明显高于同一病人的多个肿瘤样本间的异质性,该结果表明采样偏差对该数据对影响较小。此外,作者分析了肿瘤细胞和免疫细胞间配体(ligand)和受体(receptor)的相互作用,发现这种相互作用在同一病人多个肿瘤区域样本间高度相似,但是不同病人间的受体配体相互作用具有明显差异。后续分析发现,这种不同病人间受体配体相互作用的特异性主要是肿瘤细胞的异质性造成的。作者进一步对另外37例病人样本(数据来源:美国国立卫生研究院临床中心,免疫治疗)的单细胞转录组数据进行分析,发现这种特异性的相互作用和病人的生存周期有直接关系。另外,研究人员发现在一组病人中,肿瘤细胞和巨噬细胞的两对配体和受体(LGALS9-SLC1A5,SPP1-PTGER4)相互作用显著增高,并且这组病人的总体生存周期显著降低。作者进一步在例病人的肝癌样本中对这四个基因进行原位杂交成像分析,发现LGALS9和SLC1A5趋向于富集在同一区域。同时SPP1和PTGER4也有明显的共同富集现象。另外,高表达两对配体和受体的病人生存期要显著低于配体和受体低表达的病人,表明了肿瘤细胞和巨噬细胞间相互作用对于病人生存周期的影响。

综上,Wang课题组从单细胞水平对肿瘤异质性进行深入剖析,解析了肿瘤多个采样区域的异质性,并揭示了肿瘤细胞和免疫细胞相互作用对肿瘤异质性以及病人总体生存期的影响,为肝癌治疗提供了新的思路。

LichunMa现为美国国立卫生研究院,国立癌症研究所PI。实验室主要基于单细胞和空间组学对肝癌临床样本进行深入研究,具有丰富的肝癌细胞异质性和肿瘤进化研究经验,致力于提升肝癌患者的治疗和预后。目前,实验室有计算生物方向和肿瘤方向博士后位置,感兴趣的学者可参考网站信息(

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#肿瘤#内癌细胞异质性是(intratumorheterogeneity)是造成癌症治疗失败的关键因素。高度异质性是大部分实体肿瘤的共有特征,而且这种异质性通常会影响病人的总体生存期。单细胞测序技术的发展给解析肿瘤内癌细胞异质性提供了很好的技术支撑。单细胞测序分析通常基于病人在某个特定时间的肿瘤采样组织样本,如何评估采样偏差对肿瘤内癌细胞异质性研究的影响成为一个重要课题。此外,由于肿瘤具有高度异质性,如何找到稳定的肿瘤特征,从而定义一个肿瘤生态系统成为一个很大的挑战。

近日,美国国立卫生研究院,国立癌症研究所王心伟(XinWeiWang)和马利春(LichunMa)团队在NatureCommunications上发表题为Multiregionalsingle-celldissectionoftumorandimmunecellsrevealsstablelock-and-keyfeaturesinlivercancer的文章。该研究解析了肿瘤内癌细胞异质性,并揭示了肿瘤内癌细胞和免疫细胞相互作用对于肿瘤异质性的影响。

Wang课题组首先对7例(数据来源:美国国立卫生研究院临床中心和德国美因茨大学医学中心)肝癌病人样本进行分析。研究人员对肝癌患者的多个区域的肿瘤样及非肿瘤样本进行单细胞转录组测序数据进行分析。作者发现不同肝癌病人间肿瘤样本的异质性明显高于同一病人的多个肿瘤样本间的异质性,该结果表明采样偏差对该数据对影响较小。此外,作者分析了肿瘤细胞和免疫细胞间配体(ligand)和受体(receptor)的相互作用,发现这种相互作用在同一病人多个肿瘤区域样本间高度相似,但是不同病人间的受体配体相互作用具有明显差异。后续分析发现,这种不同病人间受体配体相互作用的特异性主要是肿瘤细胞的异质性造成的。作者进一步对另外37例病人样本(数据来源:美国国立卫生研究院临床中心,免疫治疗)的单细胞转录组数据进行分析,发现这种特异性的相互作用和病人的生存周期有直接关系。另外,研究人员发现在一组病人中,肿瘤细胞和巨噬细胞的两对配体和受体(LGALS9-SLC1A5,SPP1-PTGER4)相互作用显著增高,并且这组病人的总体生存周期显著降低。作者进一步在例病人的肝癌样本中对这四个基因进行原位杂交成像分析,发现LGALS9和SLC1A5趋向于富集在同一区域。同时SPP1和PTGER4也有明显的共同富集现象。另外,高表达两对配体和受体的病人生存期要显著低于配体和受体低表达的病人,表明了肿瘤细胞和巨噬细胞间相互作用对于病人生存周期的影响。

综上,Wang课题组从单细胞水平对肿瘤异质性进行深入剖析,解析了肿瘤多个采样区域的异质性,并揭示了肿瘤细胞和免疫细胞相互作用对肿瘤异质性以及病人总体生存期的影响,为肝癌治疗提供了新的思路。

LichunMa现为美国国立卫生研究院,国立癌症研究所PI。实验室主要基于单细胞和空间组学对肝癌临床样本进行深入研究,具有丰富的肝癌细胞异质性和肿瘤进化研究经验,致力于提升肝癌患者的治疗和预后。目前,实验室有计算生物方向和肿瘤方向博士后位置,感兴趣的学者可参考网站信息(

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