白癜风诊疗经验 https://m-mip.39.net/pf/mipso_6298327.html前段时间，小源为大家整理了一份CRISPR文库的新手攻略，里面提到了CRISPR文库的应用（可点击回顾CRISPR文库火“出圈”啦！还不会用？这篇给你从头到尾梳理一遍！），今天就给大家分享一个CRISPR文库用于药物靶点筛选的案例，希望能帮助大家更好地了解如何使用CRISPR文库！
胃癌是全球第五大常见癌症类型，也是死亡率第三高的肿瘤类疾病。虽然目前胃癌的早期诊断、手术、化疗及放疗等系统性治疗研究已取得巨大进展，但目前胃癌治愈存活率仍很低，近5年生存率仅在0%左右。因此寻找新的药物靶点、研发疗效更好的靶向药物迫在眉睫。
Zeng等人CRISPR敲除文库对胃癌细胞（GastricCancerCell，GCC）的全基因组进行筛选，发现了个新确立的必需基因、确定了41个必需基因为潜在药物靶点，进一步研究后证实METTL1为胃癌的潜在治疗靶点。具体研究思路如下：
使用CRISPR文库对AGS细胞系进行全基因组筛选并评估结果可靠性
通过对Achilles、Sanger两个数据库中的GC样本进行相关系数比较分析，研究人员得到7个重叠的GC细胞系（见图S1），并发现必需关键基因定义一旦变更，这7个重叠GC细胞系的关键必需基因数据库间相关性将反转：Achilles定义的个关键必需基因在这两个数据库间表现出较强相关性，而Sanger定义的个关键必需基因在这两个数据库间的相关性较弱或不相关（见图S1C和图S2C）。
图S1图S2
因此，研究人员决定使用CRISPR文库来为确定GC细胞的关键基因及治疗靶点提供证据支持。他们采用三质粒体系通过脂质体法将TKOv文库转染进29T细胞中进行病毒包装。接着使用病毒感染AGS细胞，通过嘌呤霉素筛选出转染成功的AGS细胞系。提取第0天、第10天以及第20天的对照组细胞（未施加压力的）的DNA进行深度测序对比后，他们发现基因缺失的数量随代数的增加而增加（见图1C），结合Wilcoxon秩和检验结果确认该筛选已顺利完成。
接着，研究人员应用MAGeCKFlute算法及RRA评分确认了个AGS细胞系的必需基因，并为这些基因建立了一个新的数据库。经Pearson相关系数分析发现，这个新数据库的基因与Achilles、Sanger数据库的必需基因相关性很高，且通过对比TKOv文库Moffat的关键必需基因和非必需基因列表对RRA评分排序的基因进行评估的曲线下面积为0.99（图1I），这些结果都表明CRISPR文库筛选的结果可靠性很高。
图1.使用CRISPR文库对AGS全基因组进行负性筛选
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