撰文
Qi
#癌症#
肾透明细胞癌（Clearcellrenalcarcinoma,ccRCC）是一种异质性疾病，尽管原发病灶可以通过手术治疗，但约40%会复发并发展为转移癌，且5年生存率为10%。尽管ccRCC是一种免疫原性肿瘤，但其调节有效抗肿瘤反应的肿瘤免疫细胞动力学尚不完全清楚。迄今为止，对原发性ccRCC肿瘤微环境（TME）最全面的研究是通过飞行时间流式细胞术来检测固有和适应性免疫标记物，提出T细胞衰竭标志物的表达和CD38+髓细胞浸润与更差的预后相关。近些年发展起来的scRNA-seq已经成为一种有价值的工具，然而，还没有靶向ccRCC的系统性的单细胞研究。需要注意的是，scRNA-seq的一个关键技术限制是基因表达谱非常稀疏，每个细胞中有80%-90%的基因可能未被检测到，这一现象被称为“genedropout”。因此，需要一种方法来解决某些重要特征可能被遗漏的问题。
年5月20日，来自美国哥伦比亚大学欧文医学中心的CharlesG.Drake团队在Cell杂志上发表了一篇题为Single-cellproteinactivityanalysisidentifiesrecurrence-associatedrenaltumormacrophages的文章，这项研究通过对未经治疗的ccRCC切除的肿瘤和肿瘤周围组织进行了scRNA-seq，利用VIPER算法来定量单细胞蛋白的活性，发现了一个肿瘤特异性的TREM2/APOE/C1Q上调的巨噬细胞亚群，且在一个大型临床验证队列中，这些标记物在手术后复发患者的肿瘤中显著富集。因此，这项研究确定的TREM2/APOE/C1Q阳性巨噬细胞浸润是ccRCC复发的潜在预后生物标志物，也可以作为一个候选治疗靶点。
首先，作者从11个未经治疗的切除肿瘤及邻近正常组织中分离出活细胞进行scRNA-seq，在UMAP降维后可视化，并使用Seurat-Louvain算法进行聚类，随后使用VIPER进行基于蛋白质活性的聚类，并通过高参数光谱流式细胞仪对VIPER结果进行了全面验证。通过整合转录组学和基于VIPER的蛋白质组学数据，作者描述了不同亚群、关键调节蛋白和候选配体/受体介导的相互作用，揭示了一种在所有肿瘤样本中均被一致检测到的新的肿瘤特异性巨噬细胞亚群（差异活性蛋白即LILRB5、APOE和TREM2；差异表达基因C1QA-C、APOE和TREM2）。
接下来，作者通过免疫荧光染色来验证与不良预后相关的巨噬细胞群体标记物是否在细胞中共同表达，并分析其空间定位以确定这些标记物是肿瘤、T细胞还是巨噬细胞相关，尤其
