在同一个细胞中,同时检测多种组学信息的技术即单细胞多模态组学技术(singlecellmultimodalomics)。
该技术使得我们能够更好地发现细胞异质性和理解细胞精细状态,是当前基因组学研究的前沿领域[1][2]。转座子(transposon,简称Tn)是染色体上可以自主复制和移位的DNA序列,普遍存在于各种生物基因组中。
自于大肠杆菌的Tn5转座酶,因其随机性好,稳定性好,活性强,成为了分子遗传学研究的热门工具,例如,NGSDNA文库的快速构建,单细胞测序技术,染色质可及性测序(ATAC-seq)等[3]。Tn5转座酶除了能够切割双链DNA之外,还能够切割DNA/RNA杂交链。
基于此原理,北京大学的*岩谊课题组和谢晓亮课题组联合清华大学王建斌课题组,在美国《国家科学院院刊》(PNAS)上发表的文章介绍了一种新的基于Tn5转座酶的转录组测序快速建库方法—SHERRY(SequencingHEteRoRNA-DNA-hYbrid)[4][5]。
近日,南方科技大学生命科学学院助理教授陈曦课题组、副教授靳文菲课题组,在基于SHERRY技术和课题组此前发表的scATAC-seq方法,开发了一种可在同一细胞内,同时检测染色质可及性(ATAC-seq)以及基因表达(RNA-seq)的单细胞多模态组学技术—ISSAAC-seq[2][6][7]。
SHERRY技术思路
样本可以来自裂解的单细胞或bulkRNA;RNA分子经过oligo-dT引物的反转录后,RNA/DNA杂合链可直接被Tn5转座酶打断(图中灰色的波浪线及直线分别代表RNA及DNA分子);在Tagmentation之后,转座酶会在杂合链两端加上adapter接头,进行之后的建库PCR扩增。
图1.SHERRY转录组测序建库流程。图片来源于: