结直肠癌单细胞数据集也有十多个了，拿到表达量矩阵后的第一层次降维聚类分群通常是：
immune(CD45+,PTPRC),epithelial/cancer(EpCAM+,EPCAM),stromal(CD10+,MME,fiboorCD31+,PECAM1,endo)
参考我前面介绍过CNS图表复现08—肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则，这3大单细胞亚群构成了肿瘤免疫微环境的复杂。比如EMBOMolMed()的文章《Mitogen-activatedproteinkinaseactivitydrivescelltrajectoriesincolorectalcancer》，就是如此：
第一层次降维聚类分群
绝大部分文章都是抓住免疫细胞亚群进行细分，包括淋巴系（T,B,NK细胞）和髓系（单核，树突，巨噬，粒细胞）的两大类作为第二次细分亚群。但是也有不少文章是抓住stromal里面的fibo和endo进行细分，并且编造生物学故事的。
反而是上皮细胞，大家很少涉及到，但是结直肠癌既然是来源于结直肠这样的组织，它的上皮细胞就不可能是一个纯粹的上皮，理论上是可以细分的。上面的这个文章其实也接下来部分细分，如下所示：
上皮细胞的细分亚群
可以看到，肿瘤的上皮细胞首先需要区分恶性与否，然后各自降维聚类分群和生物学命名，目前区分恶性与否比较权威的工具是infercnv。我们早期大量关于使用infercnv来推断肿瘤单细胞转录组数据里面的拷贝数的教程：
CNS图表复现09—上皮细胞可以区分为恶性与否CNS图表复现13—使用inferCNV来区分肿瘤细胞的恶性与否CNS图表复现14—检查文献的inferCNV流程CNS图表复现15—inferCNV流程输入数据差异大揭秘CNS图表复现16—inferCNV结果解读及利用CNS图表复现17—inferCNV结果解读及利用之进阶
一般来说，恶性的肿瘤细胞分群只能是靠生物学特征，顺序编号即可，它不是正常细胞，异质性很大，也没有办法给出来一个通用的生物学名字。
但是正常的肠道上皮细胞有多种类型，包括肠吸收细胞、杯状细胞、Tuft细胞、潘氏细胞、肠分泌细胞等。
我在学徒作业：7种肠道正常上皮细胞亚群标记基因是否有可取之处也提到过，年发表在Cell杂志的文章：《Differentialpre-malignantprogramsandmicroenvironmentchartdistinctpathstomalignancyinhumancolorectalpolyps》把上皮细胞首先区分成为了恶性的癌症细胞，主要是：
ASC–adenomaspecificcells,SSC–serratedspecificcells
以及正常的上皮细胞，normalepithelialcells包括：
吸收细胞（ABS，absorptivecell）隐窝顶部结肠细胞（CT，crypttopcolonocytes）内分泌细胞（EEenteroendocfinecells）杯状细胞（GOB，gobletcells）干细胞（STM，stemcells）过渡放大细胞（TAC，transitamplifingcells）肠道簇细胞（TUF，tuftcells）
如下所示的降维聚类分群：
另外，发表在SciAdv,的文章：《mAmRNAmodificationmaintainscolonicepithelialcellhomeostasisviaNF-κB-mediatedantiapoptoticpathway》，是小鼠模型，该研究有个上皮细胞进行单细胞转录组测序，降维聚类分群后进行生物学命名，如下所示：
降维聚类分群后进行生物学命名
可以看到是7个单细胞亚群，包括：
Stemcellmarkergene,Lgr5(ATAcellmarkergene,Mki67(BDCScellmarkergene,Reg4(C,Kit(DTuftcellmarkergene,Dclk1(EColonocytemarkergene,Alpi(FEnteroendocrinecellmarkergene,Chga(GGobletcellmarkergene,Spdef(H).
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