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TUhjnbcbe - 2024/8/22 23:52:00
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小编梳理了RNA常规样本采集方法和送样量,希望可以帮助各位老师更好的搞定样本准备工作!

采集方法

一、植物

(1)根据实验目的选择样本相关区域,优选幼嫩新鲜的样本组织可获取较多的核酸;

(2)植物样品采集时建议用RNasefree水擦拭样本后用吸水纸吸干,尤其对于野外样品;

(3)组织样品的分离尽量在冰上快速进行,减少RNA降解。然后迅速放入已做好标记的50mL离心管或封口袋中(根据样本大小和数量也可用1.5mL和2mLEP管),液氮速冻后用封口膜密封,-80℃保存或用大体积干冰进行送样;

(4)植物纤维含量较高,应采集尽可能多的样本并备份(1-2份)以防备重新取材;

(5)对于多糖多酚的难提组织样本,需提前与实验人员联系并在送样时进行备注;

(6)不建议植物组织样本使用RNAlater等RNA保护剂保存,因为植物细胞壁的存在,试剂较难渗透到细胞中。

二、动物

(1)活体取材后的组织用RNase-free的0.9%生理盐水冲洗,去除血渍和污物,并剔除非研究所需的组织,吸干水渍并切小块(厚度小于5mm厚约为50mg左右的小块),放入已标记好1.5mL或者2.0mL的RNase-freeEP管中,迅速液氮冷冻后用封口膜封口,再将EP管放置于50mL离心管中或封口袋中,-80℃冰箱保存或用大体积干冰运输;

(2)动物组织中内源性核酸酶含量丰富,所以样本采集应越快越好,样品分割的时候最好在冰上快速进行,并及时做好备份(1-2份);

(3)一般情况下,RNA保护剂对于动物类样本都可使用,比如小体积的昆虫类组织,如寄生蜂、螨等,RNA保护剂的使用参照试剂说明书。

三、菌类

3.1液体培养基:

挑取单菌落于50mL液体培养基中,适宜温度培养过夜,在对数生长期(OD值为0.6-0.8)采集菌体。采集适量菌液转入合适的离心管中,高速离心收集菌体,弃去上层培养基,液氮速冻后用封口膜封口。若菌体离心管为1.5-2mL的小量程,建议在外层套上50mL的大离心管,以防止小管子冻裂菌体被污染。-80℃冰箱保存或用大体积干冰运输送样。

3.2固体或半固体培养基:

平板培养的微生物,在菌体生产最旺盛时期用灭菌后的勺子在平板中刮下,置于1.5或2.0mL的离心管中,迅速液氮速冻,建议在外层套上50mL的大离心管,以防止小管子冻裂菌体被污染。-80℃冰箱保存或用大体积干冰运输,在收集菌体时不要刮到培养物。

注意

为保证实验的顺利,样品同样建议备份1-2份,以防备部分样本降解重新取样、制备和送样;菌体类样本不建议用RNAlater保存,因为RNAlater密度较大,后续提取菌体不易分离;菌体类样本不建议用TRIzol保存,大部分菌类样品使用TRIzol法提取不成功。四、细胞

4.1贴壁细胞:

(1)贴壁细胞培养或处理结束后,去除培养液,贴壁细胞用PBS缓冲液快速洗一次;

(2)按每10cm2培养面积(相当于六孔板一个孔或35mm直径培养皿)加1mLTRIzol的比例加入TRIzol试剂;

(3)用1mL枪头反复吹打,使TRIzol与细胞充分接触并消化;

(4)将上述溶液转移到RNase-free的试管中(1.5或2mL离心管),用一次性注射器反复吹打细胞直至看不见成团的细胞块,使溶液呈现清亮且不粘稠的状态;

(5)液氮速冻后放入干冰或于-80℃冰箱中保存。

4.2悬浮细胞:

(1)悬浮细胞培养或处理结束后,离心收集细胞,去除培养液;

(2)保留的细胞用PBS缓冲液快速洗一次,离心除去PBS缓冲液;

(3)按照每1×-5×个细胞加1mLTRIzol的比例加入TRIzol试剂,用一次性注射器进行反复吹打直至看不见成团的细胞块,整个溶液呈清亮且不粘稠的状态;

(4)液氮速冻后放入干冰或-80℃冰箱中保存。

五、血液样本

5.1全血:

全血类样本即是不区分血细胞、血浆和血清等成份,最终获取的RNA是样本的总RNA,对于这类样本有两种采集办法:

TRIzol法:

(1)取一个15mL管,加入6mLTRIzol和2mL新鲜血液(比例为3:1),用移液器吹打多次帮助裂解样品中的细胞。

(2)样品剧烈震荡混匀1-2min,直到絮状物全部溶解;

(3)室温孵育5min让核蛋白完全分解;

(4)编写记号,封口膜密封,液氮速冻,80℃冰箱中保存,干冰送样。

注:冰冻血液溶解过程中破碎的细胞会释放RNA酶,引起RNA降解,因此此类样品要求在冰冻前进行分装,避免再次溶解分装造成RNA降解。

PAXgeneRNAtμbe法(人血样本推荐):

采用BD管采集(全血RNA管)血液2mL(BD管容量为2.5mL)后进行保存,操作方法见产品说明书。采用Qiagen专用试剂盒提取RNA(PAXgeneBloodmiRNAKit)进行提取。

5.2血细胞

以哺乳动物采集白细胞或者其他有核细胞进行后续实验,方法如下:

(1)在已加入抗凝剂(因肝素会影响下游建库测序,建议选用EDTA类抗凝剂)的新鲜全血中加入等体积PBS(1×),充分混匀;

(2)缓慢转入另一已加入淋巴细胞分离液的离心管中,并使上述混合液处于淋巴细胞分离液液面之上(即两种液体不要混合,保留清晰的界面),20℃,g离心30min;

(3)用移液器小心分离出白细胞层;用PBS(1×)清洗白细胞,离心回收白细胞,弃去上清;

(4)加入白细胞20倍体积的TRIzol试剂,用一次性注射器进行反复抽打细胞直至看不见成团的细胞块,整个溶液呈清亮而不粘稠的状态;

(5)液氮速冻后放入干冰或-80℃冰箱中保存。

注:非哺乳动物可直接寄送加有抗凝剂(因肝素会影响下游建库测序,请选用除肝素外的其它抗凝剂)后液氮速冻的的全血样本。

5.3血清样本

(1)用医用血清管收集全血或旋盖管收集全血样本,上下轻轻颠倒混匀后,立即将全血置于4℃或冰盒中正立放置3-4小时,可见血块析出(也可放置4℃冰箱过夜);

(2)rpm,4℃离心10min离心分离得到上层血清样本,取出上清后可再rpm,4℃离心10min保证血清质量(血样需在1h内进行血清分离,依据血清管操作说明或实验室血清分离步骤进行操作);

(3)将上清转移至1.5mL旋盖尖底离心管中(RNasefree),每个管子吸入μL血清进行分装,弃去血细胞沉淀;

(4)将分装好的血清置于-80℃长期保存;

注:送样量最好4mL以上,注意血液若发生溶血现象不建议使用(血细胞破裂后细胞中RNA进入血清中)。

5.4血浆样本

(1)用加有抗凝剂(因肝素会影响下游建库测序,建议使用EDTA类抗凝血剂)的旋盖管收集全血样本;

(2)下轻轻颠倒混匀十次后,立即将全血置于4°C或冰盒中正立放置3-4h,rmp,4℃离心5min,取上清即为血浆(血样需在1h内进行血浆分离,依据抗凝管操作说明或实验室血浆分离步骤进行操作);

(3)将上浆转移至1.5mL旋盖尖底离心管(RNasefree)中,每个管子吸入μl血浆进行分装,弃去血细胞沉淀;

(4)将分装好的血浆置于-80°C长期保存;

注:送样量最好4mL以上,注意血液若发生溶血现象不建议使用(血细胞破裂后细胞中RNA进入血清中)。

美格基因转录组产品线共包括转录组、RNA-Seq、SmallRNA、lncRNA、环状RNA、全转录组等测序分析服务,接收样品类型包括组织样品和RNA样品。

组织送样量

表1.组织送样标准一览表

分装建议:

(1)植物组织建议mg左右分装,动物组织50mg左右分装,菌体要求OD约为0.6-0.8,-cfμ/mL;

(2)不同类型样本的RNA产量差别较大,含肌纤维、脂肪类物质的动物组织以及含多糖多酚较高的复杂植物,RNA提取率一般较低,送样量需要增加;

(3)代谢活跃的肝脏组织细胞量旺盛,每50mg组织可达20-30μgRNA,可适当降低送样量;

(4)每份样本请尽量多管分装,并同时寄送备用样品和试提样品。

RNA送样量

测序产品对RNA数量和质量都有对应的要求,评判指标一般有以下包括浓度、单次建库所需总量、RIN值、OD/、电泳胶图(条带位置、亮度、比例等)等,具体指标见下文表格。RNA样本请提供具体浓度、体积、制备时间、溶剂名称及物种来源,同时附上QC数据,包括电泳胶图、分光光度或Nanodrop仪器检测数据等。

注:为保证后续建库的质量,不建议客户直接送自己反转录的cDNA进行实验。

表2.RNA送样标准一览表

以上就是本期的全部内容啦,更多精彩都在美格基因

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