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TUhjnbcbe - 2025/2/21 20:07:00
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年9月29日,中国医院(中国医学科学院血液学研究所)程涛/程辉研究组、北京大学生命科学学院李程研究组和北京大学生命科学学院陶伟研究组合作在CellReports杂志发表了题为“tagHi-Creveals3Dchromatinarchitecturedynamicsduringmousehematopoiesis”的研究论文。

在此之前,对造血谱系各个阶段细胞类型的染色质三维构象缺乏完整的研究。其中一个主要限制因素是已有的染色质构象捕获技术大多需要大量的起始细胞,而体内可分选的造血干细胞较少。因此,作者们首先开发了一种基于Tn5tagmentation的少量细胞Hi-C技术(tagHi-C)。tagHi-C利用Tn5转座酶对交联、酶切、连接、纯化后的线性DNA进行打断,代替了insituHi-C中使用的超声打断法(图一)。

由于Tn5转座酶可对低至1ng得DNA高效随机切割,因此作者们实现了对最低个起始细胞的Hi-C文库构建。Tn5转座酶在打断DNA的同时会加上测序接头,因此相比传统的insituHi-C,tagHi-C在实验时间上也有较大的缩减。作者们将tagHi-C应用到GM和HeLa细胞系中,发现该技术能在多尺度下得到与传统大量细胞Hi-C相似的结果,证明了方法的可靠性。

图一:tagHi-C实验流程图

紧接着,作者们将tagHi-C应用到小鼠造血过程中的10个主要细胞类型,包括干/祖细胞以及以及成熟粒细胞(GR)和巨核细胞(MK)。作者们首先发现了造血谱系分化过程中染色质区室(

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