草履虫以细菌和单细胞藻类作为主食。
1.草履虫口沟内的密长的纤毛摆动时，能把水里的细菌和有机碎屑作为食物摆进口沟，再进入草履虫体内，供其慢慢消化吸收。残渣由一个叫肛门点的小孔排出。草履虫靠身体的表膜吸收水里的氧气，排出二氧化碳。一个草履虫每天大约能吞食个细菌，因此，它对污水有一定的净化作用。
2.大草履虫身体内充满了细胞质，在水中前进时不停地摆动口沟里的纤毛，鼓起水涡，摄取水里的细菌、小的生物和腐烂的有机物等。虽然大多数草履虫是全动性营养，但绿草履虫是例外，体内含共生绿藻，这种绿藻可利用动物体排泄的含氮废物作为无机盐的来源，通过植物式光合作用制造有机物生存。
3.草履虫吞噬营养，有较复杂的消化细胞器。由虫体近前端开始有一条口沟，斜着伸向身体中部，口沟末端的与表膜相连处形成胞口，下面连着漏斗形的胞咽。食物(如细菌、小的生物和腐烂的有机物等)通过口沟处纤毛摆动而进入胞口，在胞咽下端积聚成下泡，被细胞质包裹而胀大，形成食物泡，在固定的路径中流动，与溶酶体融合后进行消化。最后不能消化的残渣由身体后部的胞肛排出虫体外。